فيما يلي بعض الاختلافات الرئيسية:

• في PCR ، يتم فصل الحمض النووي المراد نسخه عن طريق تمسخ الحرارة. في الجسم الحي ، يتم فصل الحمض النووي بواسطة helicase المعتمد على ATP.
• في الجسم الحي ، تنتج برايمات الدنا بادئات الحمض النووي الريبي بطريقة مستقلة عن التسلسل على الحمض النووي المكشوف أحادي السلسلة. وبالتالي ، فإن نشاط الإينوكلياز 5 '-> 3' لتحطيم بادئات الحمض النووي الريبي غير ضروري لـ PCR. (قبل Taq ، كان البلمرة الأساسية المستخدمة في PCR هي جزء Klenow.)
• شوكات تكرار الحمض النووي (وشظايا Okazaki المرتبطة بتخليق حبلا متخلفة) لا تحدث في PCR.
• معدل تخليق DNA هو 1 كيلو بايت / ثانية في E. coli ولكن 1-4 kb / min في تفاعل PCR نموذجي. معدلات سوء التضمين أعلى في تفاعلات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) باستخدام Taq عنها في الكائنات النموذجية النموذجية (1 في 9000 لـ Taq مقابل 1 في 100،000 لـ Pol δ / ε في الثدييات).